Paquet : gsort (0.1.4-3 et autres)

[ Paquet source : gsort  ]

tri de données génomiques

gsort est un outil de tri pour des fichiers génomiques selon un fichier de génome. Par exemple, pour trier VCF pour avoir l’ordre suivant : X, Y, 2, 1, 3, ... et l’en-tête conservé au sommet.

Comme exemple plus probable, si un fichier doit être trié pour correspondre à l’ordre GATK (1 ... X, Y, MT), ce qui n’est pas possible avec les autres outils de réarrangement. Avec gsort, il est possible de placer MT comme le dernier chrom dans le fichier « .genome ».

Ce paquet est aussi utile pour préparer des fichiers pour des outils « bed ».

Autres paquets associés à gsort

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	0.1.4-3+b6	1 559,0 ko	5 289,0 ko	[liste des fichiers]