Paquet : python3-dna-jellyfish (2.3.0-10)

[ Paquet source : jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

Autres paquets associés à python3-dna-jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [non armel, armhf]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

Télécharger python3-dna-jellyfish

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	53,6 ko	173,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	50,6 ko	169,0 ko	[liste des fichiers]
armel	52,8 ko	166,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	53,4 ko	138,0 ko	[liste des fichiers]
i386	60,7 ko	178,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	52,1 ko	191,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	56,4 ko	237,0 ko	[liste des fichiers]