Paquet : plip (2.1.7+dfsg-1)

[ Paquet source : plip  ]

profileur d’interaction protéine-coordinat entièrement automatisé

PLIP (Protein-Ligand Interaction Profiler) est un outil d’analyse et de visualisation d’interactions protéine-coordinat de fichiers PDB.

Fonctionnalités fournies :

 – détection de huit types différents d’interactions non covalentes ;
 – détection automatique des coordinats pertinents dans un fichier PDB ;
 – téléchargement direct de structures PDB à partir d’un serveur wwPDB si
   un identifiant PDB valable est fourni ;
 – traitement de fichiers PDB personnels contenant des complexes
   protéine-coordinat (par exemple, à partir d’amarrage)
 – aucun besoin de préparation spéciale de fichier PDB, déjà prêt à
   l’emploi ;
 – rapports d’interaction au niveau atome aux formats rST et XML pour une
   analyse aisée ;
 – génération de fichiers de session PyMOL (.pse) pour chaque appairage,
   permettant une préparation aisée d’images pour la publication ou des
   conférences ;
 – rendu d’image de prévisualisation pour chaque coordinat et ses
   interactions avec la protéine.

Autres paquets associés à plip

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-lxml

  liaison Python pour les bibliothèques libxml2 et libxslt

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-openbabel

  boîte à outils de chimie – liaisons de Python

• rec: pymol

  système de graphismes moléculaires

Télécharger plip

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	80,6 ko	376,0 ko	[liste des fichiers]