Paquet : r-bioc-dropletutils (1.10.3+ds-2)

[ Paquet source : r-bioc-dropletutils  ]

BioConductor utilities for handling single-cell droplet data

Provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pseudo-cells, and downsampling of the count matrix.

Autres paquets associés à r-bioc-dropletutils

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-cpp-103-1 (>= 1.10.5)

  HDF5 - C++ runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.4-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-beachmat

  E/S pour plusieurs formats de stockage de données de matrice

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rhdf5lib

  GNU R hdf5 library

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  paquet (virtuel) de GNU R pour fournir BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mipsel	306,6 ko	665,0 ko	[liste des fichiers]