Paquet : bedtools (2.30.0+dfsg-1)

[ Paquet source : bedtools  ]

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Les utilitaires BEDTools permettent de traiter les tâches génomiques ordinaires telles que trouver les chevauchements de caractéristiques et informatiser les données. Les utilitaires sont en grande partie basés sur quatre formats de fichier très utilisés : BED, GFF/GTF, VCF et SAM/BAM. En utilisant BEDTools, il est possible de développer des enchainements sophistiqués qui répondent à des questions de recherche en utilisant plusieurs outils séquentiellement.

L'outil groupBy est fourni par le paquet filo.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Ensemble, But: use::analysing, use::comparing, Conversion de données, use::filtering, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à bedtools

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  librairie de compression au format XZ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger bedtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	647,5 ko	2 060,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	565,4 ko	1 864,0 ko	[liste des fichiers]
armel	535,4 ko	1 759,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	559,3 ko	1 275,0 ko	[liste des fichiers]
i386	708,4 ko	2 275,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	585,1 ko	2 591,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	603,6 ko	2 459,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	663,0 ko	2 520,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	567,1 ko	2 100,0 ko	[liste des fichiers]