Paquet : wtdbg2 (2.5-7 et autres)

[ Paquet source : wtdbg2  ]

assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées

Wtdbg2 est un assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées produites par PacBio ou ONT (Oxford Nanopore Technologies). Il assemble les lectures brutes sans correction d’erreur et construit la séquence consensus à partir de la sortie d’assemblage intermédiaire. Wtdbg2 est capable d’assembler le génome humain et même celui de l’axolotl (32 Giga-bases) à une vitesse dix fois plus rapide que CANU et FALCON tout en produisant des contigs avec une précision de base comparable.

Lors de l’assemblage, wtdbg2 hache les lectures en segments de 1024 paires de base, fusionne les segments similaires dans un vertex et connecte les vertex en se basant sur la contiguïté des lectures. Le graphe résultant est appelé FBG (fuzzy Bruijn graph). C’est analogue au graphe de De Bruijn, mais permet des corruptions ou des trous et conserve les chemins des lectures lors du compactage des k-mers. L’utilisation de FBG distingue wtdbg2 de la majorité des assembleurs de lectures longues.

Autres paquets associés à wtdbg2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• sug: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• sug: wtdbg2-examples

  Examples for wtdbg - de novo sequence assembler

Télécharger wtdbg2

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	2.5-7+b1	328,2 ko	1 014,0 ko	[liste des fichiers]