Paquet : clustalw (2.1+lgpl-7)

[ Paquet source : clustalw  ]

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et détermine s'il s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.

Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Interface utilisateur: Interactive en mode texte, Rôle: role::program, scope::utility, But: Comparaison, Format pris en charge: works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Autres paquets associés à clustalw

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: clustalx

  alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

• enh: bioperl-run

  scripts d'enveloppe BioPerl

• enh: emboss

  ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

Télécharger clustalw

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	275,1 ko	787,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	241,9 ko	710,0 ko	[liste des fichiers]
armel	240,2 ko	718,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	249,6 ko	542,0 ko	[liste des fichiers]
i386	294,8 ko	834,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	259,1 ko	941,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	258,4 ko	912,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	276,5 ko	918,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	247,5 ko	794,0 ko	[liste des fichiers]