Paketti: samtools (1.19.2-1 ja muut)

[ Source: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  jaetut kirjastot päätteen hallintaan

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, i386]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1.19.2-1+b1	630.1 kt	1,393.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.19.2-1+b1	602.6 kt	1,669.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.19.2-1+b1	596.5 kt	1,318.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.19.2-1+b1	599.6 kt	1,134.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.19.2-1+b1	665.6 kt	1,518.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.19.2-1+b1	609.1 kt	1,819.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.19.2-1+b1	656.9 kt	1,925.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.19.2-1+b1	637.7 kt	1,469.0 kt	[tiedostoluettelo]