Paketti: tabix (1.22.1+ds2-1 ja muut)

[ Source: htslib  ]

generic indexer for TAB-delimited genome position files

Tabix indexes files where some columns indicate sequence coordinates: name (usually a chromosome), start and stop. The input data file must be position sorted and compressed by bgzip (provided in this package), which has a gzip like interface. After indexing, tabix is able to quickly retrieve data lines by chromosomal coordinates. Fast data retrieval also works over network if an URI is given as a file name.

This package is built from the HTSlib source, and provides the bgzip, htsfile, and tabix tools.

Tagit: Implemented in: C, Role: Program, Tiede: science::calculation, use::calculating, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Works with: Text

Muut pakettiin tabix liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  fast, whole-buffer DEFLATE-based compression and decompression

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  XZ-tiedostomuodon pakkauskirjasto

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi tabix

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	496.8 kt	2,770.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.22.1+ds2-1	529.4 kt	2,579.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.22.1+ds2-1	458.0 kt	2,319.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.22.1+ds2-1	418.8 kt	2,252.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.22.1+ds2-1	422.0 kt	1,612.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	475.8 kt	2,332.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.22.1+ds2-1	539.7 kt	2,668.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.19+ds-1.1+b1	558.6 kt	4,599.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	489.0 kt	2,575.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	442.7 kt	2,124.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.22.1+ds2-1	454.8 kt	2,752.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	510.4 kt	3,215.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.22.1+ds2-1	528.6 kt	3,151.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.22.1+ds2-1	505.7 kt	1,943.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.22.1+ds2-1	479.9 kt	2,527.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	509.8 kt	2,063.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	415.6 kt	3,166.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.22.1+ds2-1	493.3 kt	2,312.0 kt	[tiedostoluettelo]