Paketti: skewer (0.2.2-6 ja muut)

[ Source: skewer  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Muut pakettiin skewer liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.17) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.17) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Imuroi skewer

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	87.6 kt	227.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.2.2-6+b1	86.4 kt	216.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.2.2-6+b1	76.4 kt	235.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.2.2-6+b1	75.2 kt	235.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.2.2-6+b1	75.5 kt	171.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	83.6 kt	195.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.2.2-6+b1	90.2 kt	231.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	107.3 kt	387.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	83.4 kt	209.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.2.2-6+b1	81.5 kt	242.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	83.7 kt	235.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.2.2-6+b1	84.9 kt	236.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.2.2-6+b1	80.3 kt	159.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.2.2-6+b1	76.0 kt	199.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	98.1 kt	190.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	75.2 kt	197.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.2.2-6	86.1 kt	201.0 kt	[tiedostoluettelo]