Paketti: toppred (1.10-10 ja muut)

[ Source: toppred  ]

transmembrane topology prediction

Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.

Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.

Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png

The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.

This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm

Muut pakettiin toppred liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  GD Graphics Library

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1) [sparc64]

  PNG library - runtime (version 1.6)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi toppred

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.10-10	44.3 kt	229.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.10-10	43.4 kt	213.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.10-10	41.6 kt	228.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.10-10	42.8 kt	228.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.10-10	40.4 kt	228.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.10-10	42.2 kt	205.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.10-10	44.2 kt	212.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.10-10	50.5 kt	251.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.10-10	41.7 kt	212.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.10-10	42.9 kt	232.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.10-10	45.3 kt	229.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.10-10	45.7 kt	229.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.10-10+b1	43.4 kt	206.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.10-10	41.4 kt	208.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.10-10	45.1 kt	228.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.10-10	41.1 kt	1,190.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.10-9	43.8 kt	208.0 kt	[tiedostoluettelo]