Paketti: stacks (2.66+dfsg-1 ja muut)

[ Source: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Muut pakettiin stacks liittyvät paketit

• dep: bsdextrautils

  extra utilities from 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa r-cran-littler

• sug: gdb

  GNU Debugger
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gdb-minimal

Imuroi stacks

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,065.5 kt	6,519.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.66+dfsg-1+b1	1,154.6 kt	5,807.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.66+dfsg-1+b1	1,004.8 kt	5,725.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.66+dfsg-1+b1	979.6 kt	5,148.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.66+dfsg-1+b1	1,000.0 kt	3,632.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,046.7 kt	5,345.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.66+dfsg-1+b1	1,233.2 kt	6,100.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,286.9 kt	11,193.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,087.6 kt	5,632.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.66+dfsg-1+b1	1,062.3 kt	7,443.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,112.8 kt	7,455.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.66+dfsg-1+b1	1,123.6 kt	7,005.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.66+dfsg-1+b1	1,103.0 kt	4,329.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.66+dfsg-1+b1	1,104.7 kt	6,049.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,278.3 kt	5,648.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	918.0 kt	11,538.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.66+dfsg-1+b1	1,158.9 kt	5,473.0 kt	[tiedostoluettelo]