Paketti: minia (3.2.6-4 ja muut)

[ Source: minia  ]

short-read biological sequence assembler

What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.

This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.

The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.

Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

Muut pakettiin minia liittyvät paketit

• dep: bc

  GNU bc, rajattoman tarkka laskentakieli

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

  dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [ei amd64, m68k, sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ei hppa, m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei hppa, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g [ei m68k, sh4]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: bandage

  Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

Imuroi minia

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	3.2.6-4+b1	389.1 kt	827.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	3.2.6-4+b1	391.1 kt	745.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	3.2.6-4+b1	384.2 kt	825.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	3.2.6-2	400.6 kt	744.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	3.2.6-4+b1	400.4 kt	941.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.6906-2	173.6 kt	298.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	3.2.6-4+b1	382.4 kt	844.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	3.2.6-4+b1	391.9 kt	889.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	3.2.6-4+b1	392.5 kt	825.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	3.2.6-4+b1	388.9 kt	689.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.6906-2	192.8 kt	291.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	3.2.6-4+b1	379.3 kt	2,431.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	3.2.6-4+b1	391.2 kt	707.0 kt	[tiedostoluettelo]