Paketti: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4 ja muut)

[ Source: mapsembler2  ]

bioinformatics targeted assembly software

Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).

It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.

Mapsembler2 may be used for (not limited to):

 - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
   Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
 - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
 - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
 - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
 - Checks what happens at the extremities of a contig
 - Remove contaminants or symbiont reads from a read set

Muut pakettiin mapsembler2 liittyvät paketit

• dep: bc

  GNU bc, rajattoman tarkka laskentakieli

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.8) [ppc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.8) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 [x32]

  Paketti ei saatavilla

  dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha, ppc64, sparc64]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.3) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [ei m68k, sh4, sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhdf5-7 [x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libhdf5-8 [alpha, hppa, ppc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libstdc++6 [x32]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 4.8) [hppa]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, ppc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [amd64, arm64, ppc64el, s390x]

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi mapsembler2

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.2.3+dfsg-1	241.2 kt	910.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.2.4+dfsg1-4	707.5 kt	1,283.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.2.4+dfsg1-4	685.7 kt	1,247.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.2.3+dfsg-1	241.5 kt	803.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.1.6+dfsg-1	262.2 kt	453.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.2.3+dfsg-1	228.6 kt	928.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.2.4+dfsg1-4	722.5 kt	1,571.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.2.4+dfsg1-4	683.2 kt	1,307.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.1.6+dfsg-1	285.5 kt	469.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.1.6+dfsg-1	263.1 kt	458.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.2.3+dfsg-1	233.7 kt	706.0 kt	[tiedostoluettelo]