Paketti: ivar (1.4.2+dfsg-3 ja muut)

[ Source: ivar  ]

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Muut pakettiin ivar liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Imuroi ivar

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	1.4.2+dfsg-3+b1	222.5 kt	1,523.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.4.2+dfsg-3+b1	202.9 kt	1,487.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.4.2+dfsg-3+b1	212.5 kt	1,480.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.4.2+dfsg-3+b1	233.1 kt	1,537.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.4.2+dfsg-3+b1	197.4 kt	1,473.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.4.2+dfsg-3+b1	211.6 kt	1,632.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.4.2+dfsg-3+b2	214.9 kt	1,419.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.4.2+dfsg-3+b1	223.7 kt	1,458.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.4.2+dfsg-3+b1	192.9 kt	2,195.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.4.2+dfsg-3+b1	222.6 kt	1,494.0 kt	[tiedostoluettelo]