Paketti: hinge (0.5.0-7 ja muut)

[ Source: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Muut pakettiin hinge liittyvät paketit

• dep: daligner

  local alignment discovery between long nucleotide sequencing reads

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libfmt9 (>= 9.0.0+ds1) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

  dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha, m68k, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paketti ei saatavilla

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, m68k, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  näennäispaketti, jonka toteuttaa python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Paketti ei saatavilla

• dep: python3 [ei hppa, ppc64, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap [ei hppa, ppc64, sparc64]

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib [ei hppa, ppc64, sparc64]

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-networkx [ei hppa, ppc64, sparc64]

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy [ei hppa, ppc64, sparc64]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pbcore [ei hppa, ppc64, sparc64]

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson [ei hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei m68k]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k]

Imuroi hinge

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.5.0-7	478.9 kt	3,840.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.5.0-7+b1	493.9 kt	3,312.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.5.0-7+b1	444.1 kt	3,316.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.5.0-7+b1	423.0 kt	3,183.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.5.0-7+b1	426.0 kt	2,543.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.5.0-2	366.1 kt	2,439.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.5.0-7+b1	494.7 kt	3,511.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.5.0-7+b1	460.8 kt	3,263.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.5.0-7+b1	433.9 kt	3,827.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.5.0-2	367.3 kt	3,140.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.5.0-7+b1	475.4 kt	4,212.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.5.0-7+b1	498.6 kt	2,828.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.5.0-2	328.1 kt	2,445.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.5.0-6	530.1 kt	3,850.0 kt	[tiedostoluettelo]