Paketti: dnaclust (3-7 ja muut)

[ Source: dnaclust  ]

tool for clustering millions of short DNA sequences

dnaclust is a tool for clustering large number of short DNA sequences. The clusters are created in such a way that the "radius" of each clusters is no more than the specified threshold.

The input sequences to be clustered should be in Fasta format. The id of each sequence is based on the first word of the seqeunce in the Fasta format. The first word is the prefix of the header up to the first occurrence of white space characters in the header.

Tagit: Biology: Fasta/Pearson, Nucleic Acids, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C++, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Muut pakettiin dnaclust liittyvät paketit

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [riscv64]

  program options library for C++

  dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [ei riscv64, x32]

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Imuroi dnaclust

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	3-7+b4	109.6 kt	735.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	3-7+b3	111.9 kt	681.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	3-7+b3	105.1 kt	733.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	3-7+b3	101.5 kt	646.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	3-7+b3	101.2 kt	582.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	3-7+b3	107.5 kt	672.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	3-7+b3	115.6 kt	678.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	124.5 kt	904.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	3-7+b3	109.9 kt	666.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	3-7+b3	112.2 kt	880.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	115.9 kt	861.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	3-7+b3	114.6 kt	861.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	103.9 kt	623.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	3-7+b3	115.3 kt	701.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	117.5 kt	732.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	99.6 kt	3,494.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	3-7+b3	109.7 kt	654.0 kt	[tiedostoluettelo]