Paketti: ampliconnoise (1.29-11 ja muut)

[ Source: ampliconnoise  ]

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Tagit: Role: Program

Muut pakettiin ampliconnoise liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2) [x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ei x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Imuroi ampliconnoise

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,073.8 kt	2,525.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.29-11	1,086.3 kt	2,037.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.29-11	1,075.1 kt	2,397.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.29-11	1,066.5 kt	1,956.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.29-11	1,061.5 kt	1,824.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,062.8 kt	1,925.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.29-11	1,077.3 kt	2,000.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,096.8 kt	2,314.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,060.0 kt	1,928.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.29-11	1,072.6 kt	2,419.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,089.0 kt	2,589.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.29-11	1,094.5 kt	2,589.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.29-11	1,082.4 kt	1,905.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.29-11	1,098.1 kt	2,085.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,094.3 kt	2,384.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,065.6 kt	14,888.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.29-10+b1	1,081.3 kt	1,988.0 kt	[tiedostoluettelo]