Paketti: python3-pyfastx (2.1.0-1)

[ Source: pyfastx  ]

fast random access to sequences from FASTA/Q file - python3 module

The pyfastx is a lightweight Python C extension that enables users to randomly access to sequences from plain and gzipped FASTA/Q files. This module aims to provide simple APIs for users to extract sequence from FASTA and reads from FASTQ by identifier and index number. The pyfastx will build indexes stored in a sqlite3 database file for random access to avoid consuming excessive amount of memory. In addition, the pyfastx can parse standard (sequence is spread into multiple lines with same length) and nonstandard (sequence is spread into one or more lines with different length) FASTA format.

It features:

 * a single file for the Python extension;
 * lightweight, memory efficient FASTA/Q file parsing;
 * fast random access to sequences from gzipped FASTA/Q file;
 * sequences reading from FASTA file line by line;
 * N50 and L50 calculation of sequences in FASTA file;
 * GC content and nucleotides composition calculation;
 * reverse, complement and antisense sequences extraction;
 * excellent compatibility: support for parsing nonstandard FASTA file;
 * support for FASTQ quality score conversion;
 * a command line interface for splitting FASTA/Q file.

This package provides the python3 module.

Muut pakettiin python3-pyfastx liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.28) [ei alpha, armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [armel, armhf, hppa, m68k]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.28) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 (jaettu kirjasto)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pyfaidx

  efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Imuroi python3-pyfastx

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	66.1 kt	459.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	66.8 kt	305.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	62.3 kt	327.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	59.7 kt	271.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	60.1 kt	215.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	67.5 kt	327.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	71.1 kt	321.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	76.9 kt	493.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	60.2 kt	271.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	55.9 kt	347.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	69.6 kt	455.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	70.8 kt	455.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	67.1 kt	271.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	64.2 kt	319.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	69.0 kt	321.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	55.6 kt	2,127.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	66.0 kt	281.0 kt	[tiedostoluettelo]