Paketti: parsnp (2.0.4+dfsg-1)

[ Source: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Muut pakettiin parsnp liittyvät paketit

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: time

  GNU time ohjelma suorittimen resurssien käytön seurantaan

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Imuroi parsnp

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	204.0 kt	2,010.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	199.9 kt	1,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	189.9 kt	1,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	185.5 kt	1,904.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	181.7 kt	1,824.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	199.2 kt	1,914.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	198.6 kt	1,940.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	255.7 kt	2,244.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	189.5 kt	1,928.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	201.4 kt	2,020.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	207.6 kt	2,009.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	210.6 kt	2,009.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	217.7 kt	1,881.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	182.4 kt	1,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	226.1 kt	1,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	181.6 kt	2,653.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	201.6 kt	1,928.0 kt	[tiedostoluettelo]