Tarkennettu haku
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: idba  ]

Paketti: idba (1.1.3-3)

Links for idba

Screenshot

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti idba:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Samankaltaisia paketteja:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Muut pakettiin idba liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Imuroi idba

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros) 385.1 kt2,951.0 kt [tiedostoluettelo]
amd64 371.8 kt2,571.0 kt [tiedostoluettelo]
arm64 333.1 kt2,191.0 kt [tiedostoluettelo]
armel 319.3 kt2,199.0 kt [tiedostoluettelo]
armhf 329.5 kt1,575.0 kt [tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros) 413.8 kt2,863.0 kt [tiedostoluettelo]
hurd-i386 419.7 kt2,823.0 kt [tiedostoluettelo]
i386 417.7 kt2,831.0 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-amd64 371.1 kt2,559.0 kt [tiedostoluettelo]
kfreebsd-i386 419.9 kt2,819.0 kt [tiedostoluettelo]
mips 390.8 kt3,238.0 kt [tiedostoluettelo]
mips64el 387.0 kt3,212.0 kt [tiedostoluettelo]
mipsel 402.8 kt3,242.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros) 380.2 kt3,227.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64el 381.4 kt3,035.0 kt [tiedostoluettelo]
riscv64 (epävirallinen siirros) 370.8 kt1,863.0 kt [tiedostoluettelo]
s390x 332.9 kt2,703.0 kt [tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros) 309.3 kt2,355.0 kt [tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros) 361.4 kt2,319.0 kt [tiedostoluettelo]