Paketti: canu (2.0+dfsg-2) [debports]

[ Source:  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Muut pakettiin canu liittyvät paketit

• dep: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Paketti ei saatavilla

Imuroi canu

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1,228.8 kt	10,538.0 kt	[tiedostoluettelo]