Paketti: nanopolish (0.11.0-2)

[ Source: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Muut pakettiin nanopolish liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: libhts2 (>= 1.4.1)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: python

  interactive high-level object-oriented language (Python2 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

Imuroi nanopolish

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2,162.9 kt	9,781.0 kt	[tiedostoluettelo]