Paketti: sim4 (0.0.20121010-5)

[ Source: sim4  ]

Työkalu cDNA:n ja genomisen DNA:n rinnastamiseen

sim4 on samankaltaisuuteen perustuva työkalu esitetyn DNA-jakson (EST, cDNA, mRNA) rinnastamiseen geenissä genomisen jakson kanssa. Se myös havaitsee päiden vastaavuudet silloin kun kaksi syötettyä jaksoa menevät päällekkäin yhdessä päässä (esim. yhden jakson alku menee päällekkäin toisen jakson lopun kanssa).

sim4 käyttää räjähdysperusteista tekniikkaa selvittääkseen ensin yksinkertaiset yhteensopivat kappaleet jotka kuvaavat "eksonin ytimiä". Tässä ensimmäisessä vaiheessa se havaitsee kaikki mahdolliset tarkat W-mers (esim. DNA tieto koosta W) yhteensopivuudet kahden jakson välillä ja laajentaa ne mahdollisimman yhteensopiviin aukottomiin osiin. Toisessa vaiheessa eksonin ytimet laajennetaan rinnakkaisiin, mutta vielä sopimattomiin kappaleisiin käyttäen ahnasta algoritmien tasaamista. Heuristiikkaa käytetään suosimaan rakenteita jotka noudattavat liitospaikan tunnistussignaaleja (GT-AG, CT-AC). Jos on tarpeellista, prosessi toistetaan lievemmillä sopimattomien kappaleiden parametreilla.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Muut pakettiin sim4 liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

Imuroi sim4

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	387.0 kt	453.0 kt	[tiedostoluettelo]