Paketti: pizzly (0.37.3+ds-5)

[ Source: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Muut pakettiin pizzly liittyvät paketit

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.29) [ei armel]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.30) [armel]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 10.2) [armel]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 7) [armhf]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ei armel, armhf]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Imuroi pizzly

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	287.4 kt	876.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	251.7 kt	808.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	240.5 kt	763.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	251.0 kt	591.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	296.3 kt	883.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	245.9 kt	962.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	250.7 kt	940.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	282.7 kt	988.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	249.6 kt	876.0 kt	[tiedostoluettelo]