Paketti: miniasm (0.3+dfsg-2)

[ Source: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Tagit: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Muut pakettiin miniasm liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [ei amd64, arm64, ppc64el]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Imuroi miniasm

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	29.6 kt	70.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	27.8 kt	66.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	28.3 kt	66.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	26.8 kt	54.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	31.9 kt	74.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	30.4 kt	78.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	30.0 kt	77.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	32.6 kt	83.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	28.5 kt	74.0 kt	[tiedostoluettelo]