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Programa de alineación múltiple para aminoácidos o secuencias de nucleótidos

MAFFT es un programa de alineación de secuencias múltiples que ofrece tres métodos orientados a la exactitud:

 * L-INS-i (probablemente el mas exacto, recomendado para secuencias <200;
método de refinamiento iterativo incorporando información de pares alineados locales),
 * G-INS-i (apropiado para secuencias de longitud similar, recomendado para
secuancias <200; método de refinamiento iterativo incorporando información de pares alineados globales),
 * E-INS-i (apropiado para secuencias que contienen grandes regiones no
alineables; recomendado para secuencias <200), y cinco métodos orientados a la rapidez:
 * FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; solo dos ciclos),
 * FFT-NS-i (método de refinamiento iterativo; máximo 1000 iteraciones),
 * FFT-NS-2 (rápido; método progresivo),
 * FFT-NS-1 (muy rápido, recomendado para secuencias >200; método
progresivo con un árbol guia aproximado),
 * NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~50,000 secuencias; método progresivo
con el algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, biology::peptidic, field::biology, Field: Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext

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