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Package: wise (2.4.1-10)

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Vergleich von Biopolymeren, üblicherweise Sequenzen von DNA und Proteinen

Wise2 wurde speziell für den Vergleich biologischer Polymere entwickelt, meist DNA- und Protein-Sequenzen. Es gibt viele andere Programme hierzu, die bekanntesten sind sicherlich das BLAST-Paket vom NCBI und Fasta von Bill Pearson. Weitere sind HMMER (Sean Eddy) oder SAM (UC Santa Cruz), die sich auf Hidden Markov Model (HMM) spezialisieren.

Wise2 hat seine besondere Stärke beim Vergleich von DNA-Sequenzen mit daraus hervorgehenden Protein-Sequenzen. Solche Vergleiche gestatten die gleichzeitige Betrachtung etwa von der Genstruktur (Exon-/Intron-boundaries) und dem sequenzbasierten Alignment.

Wise2 enthält auch andere Algorithmen, wie etwa den altehrwürdigen Smith-Waterman-Algorithmus, oder modernere wie Stephen Altschuls generalisierte gap penalties, oder sogar experimentelle, wie den selbst entwickelten dba. Die Implementierung dieser Algorithmen war nur möglich mit der durch Wise2 verschafften Leichtigkeit.

Wise2 wurde auch entwickelt im Hinblick auf eine breite Anwendungsmöglichkeit, leichte Pflege und der Anpassung auf neue Datenbanken. Obwohl es ausschließlich in C geschrieben wurde, kann seine Funktionalität durch Perl angesprochen werden. Teile des Pakets (oder das gesamte Paket) können durch andere C- oder C++-Programme genutzt werden ohne Konflikte mit den Namensgebungen der Variablen, denn alle externen Variablen haben »Wise2« als Präfix.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with::TODO

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