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Paket: ampliconnoise (1.25-1)

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Ähnliche Pakete:

Programme, um Rauschen aus 454-sequenzierten PCR-Amplikons zu entfernen

AmpliconNoise ist ein Paket an Anwendungen, um Daten aus Hochdurchsatzsequenzierung zu bereinigen. Es besteht aus drei Hauptteilen:

 Pyronoise - erstellt Flowgram-basierte Cluster, um fehlerhaft
             sequenzierte DNA-Abschnitte zu erkennen
 SeqNoise - entfernt PCR-Punktmutationen
 Perseus - entfernt PCR-Chimären ohne einen Satz an Referenzsequenzen zu
           benötigen

Früher gab es das eigenständige »Pyronoise« von den selben Autoren; dieses Paket enthält eine aktualisierte Version davon. Es gibt auch »Denoiser« im Paket qiime, das verwandt aber nicht das gleiche Programm ist.

Removing Noise From Pyrosequenced Amplicons. Christopher Quince, Anders Lanzen, Russell J Davenport und Peter J Turnbaugh. BMC Bioinformatics 2011, 12:38doi:10.1186/1471-2105-12-38

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