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Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)

Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde. Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im Vereinigten Königreich.

Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden, Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen Contigs zu erhalten.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::analysing

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