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Paket: t-coffee (9.02.r1228-2)

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Multiples Sequenzalignment

T-Coffee ist ein Paket für das multiple Sequenzalignment von DNA- oder Proteinsequenzen. Seit Version 2.00 können Sequenzen und Strukturen gemischt werden.

T-Coffee gestattet die Kombination einer Sammlung von multiplen/paarweisen Alignments (global wie lokal) in einem einzigen Modell. Es erlaubt auch, den Grad der Konsistenz für jede Stelle des neuen Alignments, bei Berücksichtigung aller vorliegenden Alignments, abzuschätzen. Für weitergehende Informationen siehe den Vorabdruck der Veröffentlichung.

T-Coffee bietet eine Besonderheit mit dem Namen M-Coffee, die es möglich macht, die Ergebnisse einer Vielzahl von Alignment-Programmen miteinander zu vereinigen. In der publizierten Version nutzt es hierzu MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA und T-Coffee. Eine speziell auf Debian abgestimmte Version nennt sich DM-Coffee, die sich allein auf frei verfügbare Software stützt und daher ClustalW durch Kalign ersetzt. Alle 8 Methoden von M-Coffee zu nutzen scheint mitunter zu aufwändig. Es lässt sich eine Teilmenge der Methoden anwenden, wenn dies vorzuziehen ist.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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