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Paket: infernal (1.1.2-1)

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Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur

Infernal ("INFERence of RNA ALignment") durchsucht DNA-Sequenzdatenbanken nach RNA-Struktur- und Sequenzähnlichkeiten. Es stellt eine Implementierung eines Spezialfalls der stochastisch kontextfreien Grammatiken, den sogenannten Kovarianzmodellen (CMs), bereit. Ein CM ist wie ein Sequenzprofil, bewertet jedoch eine Kombination aus Sequenzübereinstimmung und Übereinstimmung sekundärer RNA-Strukturen. Daher kann ein CM in vielen Fällen eher RNA- Homologe erkennen, deren Sekundärstruktur besser konserviert ist als deren primäre Sequenz.

Dieses Werkzeug ist eine integrale Komponente der Datenbank Rfam.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Analyse

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