Paket: sumatra (1.0.36+ds-2 und andere)

Links für sumatra

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket sumatra herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Tim Booth (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Pierre Gruet (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [metabarcoding.org]

fast and exact comparison and clustering of sequences

With the development of next-generation sequencing, efficient tools are needed to handle millions of sequences in reasonable amounts of time. Sumatra is a program developed by the LECA. Sumatra aims to compare sequences in a way that is fast and exact at the same time. This tool has been developed to be adapted to the type of data generated by DNA metabarcoding, i.e. entirely sequenced, short markers. Sumatra computes the pairwise alignment scores from one dataset or between two datasets, with the possibility to specify a similarity threshold under which pairs of sequences that have a lower similarity are not reported. The output can then go through a classification process with programs such as MCL or MOTHUR.

Andere Pakete mit Bezug zu sumatra

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.7) [nicht alpha, arm64, ia64, ppc64el, riscv64, sh4, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
dep: libsuma1 (>= 1.0.35)

shared library for sumatra and sumaclust
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sumatra herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	78,7 kB	176,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.0.36+ds-2	78,5 kB	136,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.36+ds-2	77,8 kB	175,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.0.36+ds-2	78,9 kB	175,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.0.36+ds-2	78,0 kB	175,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	79,7 kB	132,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.0.36+ds-2	78,6 kB	135,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	81,2 kB	143,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	77,6 kB	135,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.36+ds-2	78,1 kB	176,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	79,1 kB	240,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.36+ds-2	79,0 kB	176,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.0.36+ds-2+b1	78,1 kB	129,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.0.36+ds-2	78,1 kB	131,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	79,0 kB	175,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	77,7 kB	1.136,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.0.36+ds-2	78,6 kB	135,0 kB	[Liste der Dateien]