Paket: sga (0.10.15-7 und andere)

[ Quellcode: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Andere Pakete mit Bezug zu sga

• dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nicht alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: perl [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python3 [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus [nicht hppa, ppc64, sh4, sparc64]

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: abyss [nicht sh4]

  Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

  rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

sga herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.10.15-7	755,4 kB	2.753,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 kB	2.432,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 kB	1.792,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 kB	1.727,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.10.15-7+b1	582,9 kB	1.279,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.10.14-2	977,9 kB	2.993,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.10.15-7+b1	876,3 kB	2.607,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.10.15-7+b1	1.025,2 kB	4.829,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.10.15-7+b1	775,3 kB	2.407,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 kB	3.062,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.10.14-2	735,4 kB	2.620,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 kB	2.304,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.10.15-7+b1	663,5 kB	1.496,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.10.15-4	1.052,2 kB	2.782,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.10.14-2	770,0 kB	2.627,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.10.15-7+b1	817,2 kB	2.291,0 kB	[Liste der Dateien]