Paket: r-cran-alakazam (1.3.0-1 und andere)

[ Quellcode: r-cran-alakazam  ]

Immunoglobulin Clonal Lineage and Diversity Analysis

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.11) [mips64el, ppc64, s390x]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht m68k, sparc64, x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: r-api-3.5 [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-4.0 [nicht m68k]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.6.1-2) [m68k]

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

  dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.1-2) [x32]

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0) [nicht m68k, sparc64]

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0) [nicht m68k, sparc64]

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2) [nicht m68k, sparc64]

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-cran-airr (>= 1.3) [x32]

  GNU R AIRR data representation reference library

  dep: r-cran-airr (>= 1.4.1) [nicht m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-ape [nicht m68k]

  GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 0.8.3) [sparc64]

  GNU R grammar of data manipulation

  dep: r-cran-dplyr (>= 1.0) [nicht m68k, sparc64]

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0) [sparc64]

  Implementierung der »Grammar of Graphics«

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.4) [x32]

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [nicht m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-igraph (>= 1.0) [x32]

  GNU R network analysis and visualization

  dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0) [sparc64]

  dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0) [nicht m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-lazyeval [sparc64]

  GNU R lazy (non-standard) evaluation

• dep: r-cran-matrix [sparc64]

  GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen

  dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0) [nicht m68k, sparc64]

• dep: r-cran-progress [nicht m68k]

  GNU R terminal progress bars

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12) [nicht m68k]

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: r-cran-readr [nicht m68k]

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang [nicht m68k]

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-scales [nicht m68k]

  Skalierungsfunktionen zur Visualisierung

• dep: r-cran-seqinr [nicht m68k]

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• dep: r-cran-stringi [nicht m68k]

  GNU-R-Verarbeitungsfunktionen für Strings

• dep: r-cran-tibble [nicht m68k]

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0) [nicht m68k, sparc64]

  GNU R package to easily tidy data

  dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0) [sparc64]

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

r-cran-alakazam herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.3.0-1	2.357,8 kB	2.916,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.3.0-1	2.362,0 kB	2.845,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.0-1	2.356,8 kB	2.853,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.3.0-1	2.360,1 kB	2.849,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.3.0-1	2.368,7 kB	2.948,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.3.0-1	1.706,4 kB	2.053,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.3.0-1	2.356,0 kB	2.859,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.3.0-1	2.362,4 kB	2.918,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.0-1	2.361,4 kB	2.917,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.3.0-1+b1	2.364,5 kB	2.821,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.0-1	2.360,8 kB	2.845,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.3.0-1	2.367,9 kB	2.851,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.0.2-1	1.855,4 kB	2.252,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.2.1-1	2.352,5 kB	2.830,0 kB	[Liste der Dateien]