Paket: murasaki (1.68.6-13 und andere)

[ Quellcode: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

Andere Pakete mit Bezug zu murasaki

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

  dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht sparc64, x32]

  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  Boost.Iostreams-Bibliothek

  dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht sparc64, x32]

  Boost.Iostreams-Bibliothek

• dep: libboost-regex1.74.0-icu67 [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [x32]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-system1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

  Betriebssystemsbibliothek (etwa Unterstützung der Diagnostik)

• dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcrypto++6 [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht sparc64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

• rec: murasaki-examples

  Paket nicht verfügbar

murasaki herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	586,0 kB	4.914,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.68.6-13+b5	611,1 kB	4.244,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.68.6-13+b5	533,9 kB	4.319,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.68.6-13+b5	444,2 kB	3.315,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.68.6-13+b5	457,2 kB	2.339,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	585,9 kB	4.020,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.68.6-13+b5	621,8 kB	4.071,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	658,9 kB	8.435,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	487,8 kB	3.599,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.68.6-13+b5	578,5 kB	5.874,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	597,0 kB	5.792,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.68.6-13+b4	599,9 kB	5.536,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.68.6-13+b3	572,8 kB	3.211,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.68.6-13+b4	596,5 kB	4.799,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b4	505,8 kB	3.596,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.68.6-11	413,1 kB	3.088,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.68.6-13+b5	481,2 kB	2.773,0 kB	[Liste der Dateien]