Paket: hmmer (3.4+dfsg-2 und andere)

[ Quellcode: hmmer  ]

Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen Sequenzalignments als Anfragen.

Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::searching, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Datenbanken

Andere Pakete mit Bezug zu hmmer

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.1b2-1	1.129,7 kB	13.177,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.4+dfsg-2	1.037,5 kB	6.466,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.4+dfsg-2	932,4 kB	7.248,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.1b2-1	969,6 kB	10.721,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.4+dfsg-2	1.068,1 kB	6.187,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.1b2-1	850,4 kB	8.566,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.4+dfsg-2	1.011,3 kB	6.929,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.1b2-1	908,8 kB	8.358,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.1b2-1	840,5 kB	9.376,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.4+dfsg-2	1.049,1 kB	6.365,0 kB	[Liste der Dateien]