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Paket: hhsuite (3.0~beta3+dfsg-1)

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Ähnliche Pakete:

Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment

HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von Hidden-Markov-Modellen (HMMe).

Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und Hilfswerkzeuge.

HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo) nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu erstellen.

HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller, bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.

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