Paket: grinder (0.5.4-6)

[ Quellcode: grinder  ]

Vielseitige Simulation von -omik-Shotgun und -Amplikonsquenzierungen

Das vielseitige Programm Grinder erstellt zufällige Bibliotheken aus Shotgun- und Amplikonsequenzen, die auf DNA-, RNA- oder Protein-Referenzsequenzen aus einer FASTA-Datei basieren.

Grinder kann Shotgun- und Amplikon-Datensätze der Genomik, Metagenomik, Transkriptomik, Metatranskriptomik, Proteomik und Metaproteomik aus aktuellen Sequenziertechniken wie Sanger, 454, Illumina erstellen. Diese simulierten Datensätze können die Genauigkeit von bioinformatischen Werkzeugen unter spezifischen Hypothesen testen, z.B. mit oder ohne Sequenzierfehler oder mit niedriger oder hoher Diversität. Grinder kann außerdem bei der Auswahl der Sequenziermethode für ein sequenzbasiertes Projekt helfen, etwa wie viele kurze Sequenzen sequenziert werden sollen und ob es eine Paired-End-Bibliothek sein soll oder nicht.

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