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Paket: belvu (4.44.1+dfsg-7.1 und andere)

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multiple sequence alignment viewer and phylogenetic tool

Belvu is a multiple sequence alignment viewer and phylogenetic tool with an extensive set of user-configurable modes to color residues.

 * View multiple sequence alignments.
 * Residues can be coloured by conservation, with user-configurable
   cutoffs and colours.
 * Residues can be coloured by residue type (user-configurable).
 * Colour schemes can be imported or exported.
 * Swissprot (or PIR) entries can be fetched by double clicking.
 * The position in the alignment can be easily tracked.
 * Manual deletion of rows and columns.
 * Automatic editing of rows and columns based on customisable criteria:
    - removal of all-gap columns;
    - removal of all gaps;
    - removal of redundant sequences;
    - removal of a column by a user-specified percentage of gaps;
    - filtering of sequences by percent identity;
    - removal of sequences by a user-specified percentage of gaps;
    - removal of partial sequences (those starting or ending with
      gaps); and
    - removal of columns by conservation (with user-specified
      upper/lower cutoffs).
 * The alignment can be saved in Stockholm, Selex, MSF or FASTA format.
 * Distance matrices between sequences can be generated using a variety
   of distance metrics.
 * Distance matrices can be imported or exported.
 * Phylogenetic trees can be constructed based on various distance-based
   tree reconstruction algorithms.
 * Trees can be saved in New Hampshire format.
 * Belvu can perform bootstrap phylogenetic reconstruction.

Markierungen: GUI-Baukasten: GTK

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arm64 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.019,6 kB1.275,0 kB [Liste der Dateien]
armel 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.013,9 kB1.190,0 kB [Liste der Dateien]
armhf 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.014,1 kB1.138,0 kB [Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung) 4.44.1+dfsg-7.1 1.026,4 kB1.221,0 kB [Liste der Dateien]
i386 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.038,7 kB1.262,0 kB [Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung) 4.44.1+dfsg-7.1 1.051,1 kB1.457,0 kB [Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung) 4.44.1+dfsg-7.1 1.028,3 kB1.241,0 kB [Liste der Dateien]
mips64el 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.032,6 kB1.360,0 kB [Liste der Dateien]
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s390x 4.44.1+dfsg-7.1+b1 1.025,0 kB1.247,0 kB [Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung) 4.44.1+dfsg-7.1 1.042,5 kB1.274,0 kB [Liste der Dateien]
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