Paket: apbs (3.4.1-5.1 und andere)

[ Quellcode: apbs  ]

Adaptive Poisson Boltzmann Solver

APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation (PBE), one of the most popular continuum models for describing electrostatic interactions between molecular solutes in salty, aqueous media. Continuum electrostatics plays an important role in several areas of biomolecular simulation, including:

  * simulation of diffusional processes to determine ligand-protein and
    protein-protein binding kinetics,
  * implicit solvent molecular dynamics of biomolecules ,
  * solvation and binding energy calculations to determine
    ligand-protein and protein-protein equilibrium binding constants
    and aid in rational drug design,
  * and biomolecular titration studies.

APBS was designed to efficiently evaluate electrostatic properties for such simulations for a wide range of length scales to enable the investigation of molecules with tens to millions of atoms.

This package contains the apbs program and utilities.

Markierungen: Feld: Chemie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: interface::commandline, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug

Andere Pakete mit Bezug zu apbs

• dep: apbs-data (= 3.4.1-5.1)

  data files for APBS (Adaptive Poisson Boltzmann Solver)

• dep: libamd3 (>= 1:7.0.1)

  Bibliothek für eine Näherung an eine Minimalgrad-Ordnung für schwach besetzte Matrizen

• dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1) [m68k, sh4]

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

  dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-5.1+b1) [nicht m68k, sh4]

• dep: libarpack2 (>= 2.1) [ia64]

  Fortran77-Subroutinen für die Lösung großer Eigenwertprobleme

• dep: libarpack2t64 (>= 2.1) [nicht ia64]

  Fortran77-Subroutinen für die Lösung großer Eigenwertprobleme

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcamd3 (>= 1:7.0.1)

  Bibliothek für ungefähren symmetrischen Minimalgrad für schwach besetzte Matrizen

• dep: libccolamd3 (>= 1:7.0.1)

  »Constrained COLumn Approximate Minimum Degree ordering« für schwach besetzte Matrizen

• dep: libcholmod5 (>= 1:7.3.1)

  sparse Cholesky factorization library for sparse matrices

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  Bibliothek mit dem COLAMD-Algorithmus für schwach besetzte Matrizen

• dep: libfetk1.9t64 (>= 3.4.1)

  FETK libraries for APBS (shared libraries)

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libjs-mathjax

  JavaScript-Engine zur Anzeige von LaTeX und MathML

• dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

  Object-oriented Abstraction Layer for C

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken

• dep: libspqr4 (>= 1:7.6.1+dfsg) [nicht sh4]

  sparse QR factorization library

  dep: libspqr4 (>= 1:7.7.0+dfsg) [sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libsuitesparseconfig7 (>= 1:7.0.1)

  Konfigurationsroutinen für alle SuiteSparse-Module

• dep: libsuperlu6 (>= 6.0.1+dfsg1)

  Direct solution of large, sparse systems of linear equations

• dep: libumfpack6 (>= 1:7.0.1)

  sparse LU factorization library

apbs herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	77,6 kB	1.253,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.4.1-5.1+b1	76,5 kB	369,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.4.1-5.1+b1	74,7 kB	1.253,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.4.1-5.1+b1	75,8 kB	315,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.4.1-5.1+b1	72,7 kB	263,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	80,1 kB	305,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.4.1-5.1+b1	75,7 kB	359,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	88,2 kB	384,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1	75,3 kB	314,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.4.1-5.1+b1	76,7 kB	1.254,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	81,9 kB	1.253,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.4.1-5.1+b1	80,7 kB	1.253,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.4.1-5.1+b1	76,8 kB	309,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.4.1-5.1+b1	74,3 kB	312,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1	86,0 kB	1.234,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	82,2 kB	18.538,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.4.1-5.1+b1	76,1 kB	343,0 kB	[Liste der Dateien]