Paket: python3-vcf (0.6.8+git20170215.476169c-10 und andere)

[ Quellcode: python-pyvcf  ]

Variant Call Format (VCF) parser for Python 3

The Variant Call Format (VCF) specifies the format of a text file used in bioinformatics for storing gene sequence variations. The format has been developed with the advent of large-scale genotyping and DNA sequencing projects, such as the 1000 Genomes Project.

The intent of this module is to mimic the ``csv`` module in the Python stdlib, as opposed to more flexible serialization formats like JSON or YAML. ``vcf`` will attempt to parse the content of each record based on the data types specified in the meta-information lines -- specifically the ##INFO and ##FORMAT lines. If these lines are missing or incomplete, it will check against the reserved types mentioned in the spec. Failing that, it will just return strings.

This package provides the Python 3 modules.

Andere Pakete mit Bezug zu python3-vcf

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.9) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.7~) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: python3-pkg-resources

  Paketermittlung und Ressourcenzugriff mittels pkg_resources

• dep: python3-pysam [nicht hppa, ppc64, sparc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

python3-vcf herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-10	53,1 kB	236,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.6.8+git20170215.476169c-10	55,1 kB	214,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.6.8+git20170215.476169c-10	50,9 kB	234,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.6.8+git20170215.476169c-10	50,3 kB	186,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.6.8+git20170215.476169c-10	51,2 kB	166,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-3	56,8 kB	229,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.6.8+git20170215.476169c-10	55,5 kB	210,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-10	59,6 kB	274,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-10	50,4 kB	198,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.6.8+git20170215.476169c-10	50,0 kB	238,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-3	57,4 kB	361,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.6.8+git20170215.476169c-10	54,2 kB	234,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.6.8+git20170215.476169c-10+b1	64,6 kB	217,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-10	57,0 kB	232,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-3	53,4 kB	237,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.6.8+git20170215.476169c-10	56,4 kB	202,0 kB	[Liste der Dateien]