Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in
endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa
findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20
Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden,
mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer.
MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder
tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im
Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm
NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen
unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm
PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider
Input-Sequenzen basieren.
