Paket: minimap2 (2.27+dfsg-1 und andere)

[ Quellcode: minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Andere Pakete mit Bezug zu minimap2

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht armel, armhf, hppa, m68k]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k]

minimap2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.26+dfsg-1	404,5 kB	575,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.27+dfsg-1	379,4 kB	507,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.27+dfsg-1	370,6 kB	511,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.27+dfsg-1	388,8 kB	550,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.27+dfsg-1	389,8 kB	482,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.27+dfsg-1	411,8 kB	579,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.27+dfsg-1	386,2 kB	530,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.24+dfsg-3+b1	441,2 kB	755,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.27+dfsg-1	387,3 kB	558,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.27+dfsg-1	403,8 kB	583,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.27+dfsg-1	409,7 kB	639,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.27+dfsg-1	390,6 kB	575,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.27+dfsg-1	410,4 kB	519,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.27+dfsg-1	410,4 kB	591,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.24+dfsg-3+b2	424,6 kB	574,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.27+dfsg-1	392,5 kB	1.345,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.24+dfsg-2+b1	374,5 kB	493,0 kB	[Liste der Dateien]