Paket: khmer (3.0.0~a3+dfsg-8 und andere)

[ Quellcode: khmer  ]

in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

khmer is a library and suite of command line tools for working with DNA sequence. It is primarily aimed at short-read sequencing data such as that produced by the Illumina platform. khmer takes a k-mer-centric approach to sequence analysis, hence the name.

Markierungen: Biologie: Fasta/Pearson, Nukleinsäuren, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c++, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, use::analysing, Zweck: Vergleichen, Filtern

Andere Pakete mit Bezug zu khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1) [ia64]

  C-Extensions for Python 3

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.32) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [nicht amd64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: python3 [nicht sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.10) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.13) [amd64]

  dep: python3 (<< 3.6) [sparc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [amd64]

  dep: python3 (>= 3.4~) [sparc64]

  dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]

• dep: python3-bz2file [nicht amd64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: python3-screed [amd64]

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

  dep: python3-screed (<< 1.0) [sparc64]

  dep: python3-screed (>= 1.0) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

khmer herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	3.0.0~a3+dfsg-8	8.057,0 kB	51.019,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.1.2+dfsg-9	6.427,6 kB	33.935,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.0+dfsg-5	5.855,3 kB	23.661,0 kB	[Liste der Dateien]