Paket: libhts-dev (1.19+ds-1.1 und andere) [debports]

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C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate - Entwicklungsdateien

HTSlib ist eine Implementierung einer vereinheitlichten C-Bibliothek für den Zugriff auf gängige Dateiformate, wie SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM und VCF (Variant Call Format), die für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten verwendet werden, und ist die von samtools und bcftools verwendete Kernbibliothek. HTSlib hängt nur von zlib ab. Es ist bekannt, dass sie mit gcc, g++ und clang kompatibel ist.

HTSlib implementiert einen verallgemeinerten BAM-Index (binary SAM) mit der Dateierweiterung »csi« (coordinate-sorted index). Der HTSlib-Dateileser sucht zuerst nach dem neuen Index und dann nach dem alten, wenn der neue Index nicht vorhanden ist.

Dieses Paket enthält Entwicklungsdateien für die HTSlib: Header, statische Bibliothek, Handbuchseiten, etc.

Aus Gründen der Kompatibilität mit sambamba wurde die interne Routine cram_to_bam exportiert, wobei ein in guix gefundener Patch übernommen wurde.

Andere Pakete mit Bezug zu libhts-dev

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
hppa (inoffizielle Portierung)	1.19+ds-1.1+b1	1.702,4 kB	5.374,0 kB	[Liste der Dateien]