Paket: r-bioc-grohmm (1.36.0-1 und andere)

[ Quellcode: r-bioc-grohmm  ]

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-grohmm

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  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]

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r-bioc-grohmm herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.343,2 kB	4.523,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.36.0-1	4.342,9 kB	4.515,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.36.0-1	4.340,8 kB	4.523,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.343,5 kB	4.516,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.349,2 kB	4.558,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.36.0-1	4.340,4 kB	4.526,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.346,3 kB	4.588,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.36.0-1	4.346,4 kB	4.523,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.36.0-1	4.342,6 kB	4.499,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.36.0-1	4.344,1 kB	4.515,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.344,3 kB	4.522,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.32.0-1	4.332,9 kB	4.498,0 kB	[Liste der Dateien]