Paket: ssake (4.0-2)

[ Quellcode: ssake  ]

Genomische Anwendung, die Millionen sehr kurzer DNA-Sequenzen zusammenführt

Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) ist eine genomische Anwendung, die Millionen kurzer Nukleotidsequenzen auf aggressive Weise zusammenführt, indem stufenweise nach den perfekten 3'-endigen k-Meren - unter Verwendung eines DNA-Präfix-Baumes - gesucht wird. SSAKE wurde entwickelt, um die Informationen von Reads aus kurzen Sequenzen wirksam zu nutzen. Dies geschieht, indem diese durchgängig in Contigs angehäuft werden, die zur Charakterisierung von neu zu sequenzierenden Targets verwendet werden.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Befehls-Shell, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Analyse

Andere Pakete mit Bezug zu ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  Bibliotheken, die früher mit Perl 4 verteilt wurden

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

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