Paket: sigma-align (1.1.3-6)

[ Quellcode: sigma-align  ]

Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«) ist ein Alignment-Programm. Der Algorithmus und das Scoring-Schema sind speziell für nicht-kodierende DNA-Sequenzen entworfen.

Das Programm verwendet die Strategie des Suchens der bestmöglichen lückenlosen lokalen Alignments. Dies passiert bei jedem Schritt indem ein bestmögliches Alignment passend zu existierenden Alignments ermittelt wird. Sigma bewertet die Signifikanz der Alignments basierend auf den Längen der alignierten Fragmente und eines Hintergrundmodells. Diese können über eine Hilfsdatei intergenischer DNA zur Verfügung gestellt oder geschätzt werden.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu sigma-align

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.12.0)

  GLib - Bibliothek von C-Routinen

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	23,6 kB	62,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	22,8 kB	58,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	20,7 kB	45,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	24,2 kB	61,0 kB	[Liste der Dateien]