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Paket: murasaki-mpi (1.68.6-8 und andere)

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Ähnliche Pakete:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Andere Pakete mit Bezug zu murasaki-mpi

  • hängt ab von
  • empfiehlt
  • schlägt vor
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Architektur Version Paketgröße Größe (installiert) Dateien
amd64 1.68.6-8+b1 614,8 kB4.026,0 kB [Liste der Dateien]
arm64 1.68.6-8+b1 548,8 kB3.862,0 kB [Liste der Dateien]
armel 1.68.6-8+b1 409,1 kB2.680,0 kB [Liste der Dateien]
armhf 1.68.6-8+b1 417,4 kB2.024,0 kB [Liste der Dateien]
i386 1.68.6-8+b1 625,1 kB3.900,0 kB [Liste der Dateien]
mips 1.68.6-8+b1 562,1 kB4.503,0 kB [Liste der Dateien]
mips64el 1.68.6-8+b1 594,4 kB5.157,0 kB [Liste der Dateien]
mipsel 1.68.6-8+b1 581,4 kB4.503,0 kB [Liste der Dateien]
ppc64el 1.68.6-8+b1 618,2 kB5.074,0 kB [Liste der Dateien]
s390x 1.68.6-8+b1 548,8 kB4.358,0 kB [Liste der Dateien]